Tuy vậy, nghiên cứu của Viện Nghiên cứu Trung Quốc cũng chỉ ra nhiều mặt hạn chế của dòng vốn này. Đó là FDI của Trung Quốc không chú ý đến các ngành nông, lâm, ngư nghiệp, chỉ chú ý nhiều đến khai thác tài nguyên của Việt Nam. Thực tiễn cho thấy, Trung Quốc đã đầu tư rất nhiều dự án khai thác tài nguyên thiên nhiên trải dài suốt từ Bắc đến Nam của Việt Nam. Tình hình này đã gây nên sự xáo trộn trong quy hoạch ngành, vùng, miền kinh tế của Việt Nam. Mặt khác nếu quản lý các dự án này không tốt, sẽ còn gây nên nguy cơ về ô nhiễm môi trường sống, ảnh hưởng đến phát triển bền vững của Việt Nam.
Bên cạnh đó, FDI của Trung Quốc yếu kém trong chuyển giao công nghệ, phần lớn là công nghệ lạc hậu hay thuộc các ngành gây ô nhiễm môi trường. Mục tiêu của Trung Quốc là dịch chuyển các cơ sở sản xuất thâm dụng nhiều lao động, mức lương thấp, hàng hóa giá rẻ và công nghệ không cao ra nước ngoài. Đây chính là hạn chế lớn nhất của các DN FDI Trung Quốc tại Việt Nam. Có nhiều mối quan ngại rằng việc NK máy móc thiết bị từ thị trường Trung Quốc có thật sự hiệu quả hay Việt Nam là nước tiêu thụ lại công nghệ lỗi thời, lạc hậu cho Trung Quốc…
