Theo cáo buộc, Intimex Hà Nội có vốn điều lệ 10 tỷ đồng. Theo quy định tại Điều 104, Điều 108 Luật Doanh nghiệp 2005, việc đầu tư tài sản có giá trị hơn 50% giá trị tổng tài sản phải được HĐQT, ĐHCĐ quyết định. Tuy nhiên, việc đầu tư của Long không được thông qua HĐQT, ĐHCĐ.
Phiên tòa xét xử cựu Tổng giám đốc Intimex lạm quyền gây thiệt hại hàng chục tỷ đồng vừa được TAND TP. Hà Nội đưa ra xét xử đã bị hoãn do vắng mặt nhiều đương sự. Trước đó, phiên tòa xét xử vào tháng 1/2015 cũng đã bị HĐXX trả hồ sơ, yêu cầu điều tra bổ sung.
Bị cáo chính của vụ án là cựu Tổng giám đốc của Intimex Hà Nội Nguyễn Thăng Long (SN 1960, trú tại quận Hoàn Kiếm, Hà Nội) và đồng phạm là cấp phó Nguyên Trọng Hải (SN 1964, trú tại Đống Đa, Hà Nội), bị cáo buộc có hành vi phạm vào hai tội: Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Ở hành vi cố ý làm trái quy định, Nguyễn Thăng Long bị quy kết đã ký kết hợp đồng vượt thẩm quyền. Cụ thể, năm 2008, Long đã thỏa thuận hợp tác đầu tư có giá trị hơn 10 tỷ đồng với Công ty Phú Mỹ, nội dung Intimex Hà Nội đầu tư vốn, Công ty Phú Mỹ mua củ sắn về sản xuất tinh bột sắn, sản phẩm thu được hai bên cùng tìm đối tác xuất khẩu, lợi nhuận chia đôi…